Bien que le Grand Prix de F1 de Malaisie n'existe que depuis 1999, un certain nombre de courses estampillée FIA ont eu lieu en Malaisie depuis 1960. A l'origine, elles se déroulaient à Singapour - qui faisait alors partie de fédération malaisienne - et, plus tard, elles se disputèrent sur le circuit de Shah Alam.

Le Grand Prix de Malaisie, tel qu'il existe aujourd'hui, a toujours eu lieu sur le circuit international de Sepang, une piste qui ne manque pas de piment. Néanmoins, la plupart des accidents ont été causés par les conditions climatiques; le climat chaud et humide peut en un rien de temps laisser place à des pluies tropicales torrentielles. La première course en 1999 est marquée par le retour de Michael Schumacher, lequel s'était cassé la jambe au Grand Prix de Grande-Bretagne, plus tôt dans la saison. Il montra qu'il revenait en grande en forme, en plaçant sa Ferrari en pole position et en finissant deuxième de la course. Le Grand Prix fut remporté par son coéquipier Eddy Irvine - sa dernière victoire en F1.

En 2001, un violent orage s'abat sur la course : les Ferrari de Michael Schumacher et Rubens Barrichello font une sortie de piste au même virage, mais, survoltés ce jour-là, les deux pilotes vont se reprendre et faire 1 et 2. En 2008, les organisateurs annoncent leur désir de programmer la course de nuit pour l'édition 2009, mais ce projet va échouer et la course sera disputée en fin d'après-midi. La pluie oblige l'arrêt de la course au 33ème tour et lorsqu'elle se calme enfin, il fait trop sombre pour reprendre la course. Le porte-parole de Grand Prix Drivers Association (GPDA) Mark Webber dit alors : "il est 19h00 et la nuit tombe, la meilleure décision est donc de ne pas reprendre la course".

Le classement prend donc en compte les positions des pilotes au 31ème tour ,et comme moins de 75% de la course a été courue, la moitié des points seulement est accordée aux huit premiers. En 2010, la course débutera une heure plus tôt, afin que le problème ne se renouvelle pas.